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El Servicio de Pediatría, se crea en el año 2002 con la fusión de los Servicios de Pediatría de los Hospitales Ciudad de Jaén y Princesa de España en el contexto de la creación del Complejo Hospitalario de Jaén, con objeto de optimizar la asistencia sanitaria de las Áreas Sanitarias asignadas y ser referencia para toda la provincia de Jaén.
El Servicio de Pediatría comenzó en el año 2003 un nuevo proyecto organizativo y de gestión, basado en la ampliación de su cartera de servicios y en un modelo de hospitalización moderno y ágil, con una Unidad de Urgencias perfectamente coordinada con las consultas externas.
El año 2006 fue el de consolidación de este proyecto con la constitución de una Unidad de Gestión Clínica.
En el año 2009 se concluye la Acreditación de la Unidad de Gestión por la Agencia de Calidad Sanitaria de Andalucía.
En el año 2014 se fusiona con el Servicio de Cirugía Pediátrica y en el 2015 alcanza la acreditación de la UGC de Pediatría y Cirugía Pediátrica con resultado óptimo y realizando las visitas de seguimiento oportunas desde entonces.